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1975年09月—1978年06月，在第三军医大学临床医学专业就读大学本科，并获得医学学士学位。
1978年09月—1981年06月，在第四军医大学内科学消化系病专业攻读硕士研究生，并获得医学硕士学位。
1981年01月—1990年01月，在第四军医大学西京医院消化科工作。
1985年01月—1985年07月，在日本国立癌症研究中心肿瘤免疫学专业学习深造。
1986年09月—1989年06月，在第四军医大学内科学消化系病专业攻读博士研究生，并获得医学博士学位。
1991年03月—1992年03月，在比利时鲁汶大学医学专业学习深造。
1990年01月—1995年01月，担任第四军医大学西京医院消化科副主任、教授。
1995年01月—2007年01月，担任第四军医大学西京医院全军消化病研究所所长。
1995年01月—2007年01月，担任第四军医大学西京医院消化科科主任。
2000年，被中国自然基金委批准为首批创新研究群体学术带头人。
2001年，当选为中国工程院院士。
2004年01月—2007年01月，担任第四军医大学副校长。
2006年06月，担任肿瘤生物学中国重点实验室主任。
2007年01月—2010年06月，担任第四军医大学西京消化病医院院长。
2007年05月—2012年12月，担任第四军医大学校长。
2008年09月，在亚太地区消化病学会会议上，樊代明当选为亚太地区消化病学会常务理事兼国际事务委员会主席。
2010年06月—2018年06月，担任中国工程院副院长、党组成员。
2013年06月，受聘为南开大学荣誉教授；10月，当选为美国医学科学院外籍院士。
2021年03月，当选法国医学科学院外籍院士。
科研综述
樊代明以胃癌的基础和临床研究为主攻方向，做出的成果如下：
①应用淋巴细胞杂交技术建立多株特异性强、免疫活性高的胃癌单克隆抗体细胞系，并应用现代免疫学方法从胃癌细胞中发现4种新的肿瘤抗原，命名为MGAgs，用以检测人体组织、血液、胃液或腹水中的这类抗原，对胃癌的早期诊断和定性诊断有重要应用价值，受到了国际同行临床应用验证和肯定。
②应用细胞工程及免疫学技术加以改进，研制成功10种针对MGAgs的胃癌单抗，其特异性强、灵敏度高。用细胞工程与基因工程技术相结合，研制出胃癌血清学诊断——免疫PCR技术，开创了胃癌特异性血清学诊断的先例，提高了胃癌的血清诊断阳性率，并可检出部分早期胃癌，该项成果获得了中国专利、中国新药证书及生产文号。
③率先建立4个胃癌耐药细胞系，从中发现一个新的耐药分子，命名为MGr-Ag，克隆成功其基因序列并被GenBank收录。
④发现MGAgs在癌细胞膜上的密度(数量)与局部免疫活性细胞的总数，各亚群的比值及其布态明显相关，且能激发人体明显的抗瘤及抗转移反应。
⑤应用基因重组技术建立多种针对胃癌抗原的特异性疫苗，并在胃癌的基础研究中获重大进展，引起国际同行关注。此外，他还首先研制成功针对骨形成蛋白生物活性位点的单克隆抗体，为骨创伤及某些骨病的研究提供了新手段。
根据2020年3月中国工程院网站显示，樊代明先后获得中国科技进步创新团队奖，中国科技进步一、二、三等奖各1项，中国技术发明奖1项，军队科技进步一等奖2项，陕西省科学技术一等奖2项，中国发明专利38项、实用新型专利18项，中国新药证书1项。
获奖时间
项目名称
奖励名称
1989年
抗胃癌鼠和人单抗系列的制备及临床初步综合研究
军队科技进步奖
1990年
胃癌鼠和人单抗系列的制备及临床应用研究
中国科学技术进步奖
1993年
骨形成蛋白及其单抗的研制和等量齐观床应用综合研究
中国科学技术进步奖
1998年
胃癌血清MG7-Ag免疫聚合酶链反应技术的研究及应用
陕西省科学技术奖
1999年
免疫PCR新技术的建立及其在胃癌血清诊断中的应用
中国技术发明奖
2006年
胃癌细胞多药耐药性分子机制研究
陕西省科学技术奖
2008年
胃癌恶性表型相关分子群的发现及其序贯预防策略的建立和应用
中国科学技术进步奖一等奖
指导学生
根据2020年3月中国工程院网站显示，樊代明先后培养研究生共196名，其中获全国优秀博士论文5名，获全军优秀博士论文11名,获陕西省优秀博士论文6名。
讲座报告
2015年7月4日，樊代明在中国医科大学，作题为《医学与科学》的专题讲座。
2015年10月19日，樊代明到河北大学访问，应邀作了题为《三千年医学的进与退》的专题报告。
2017年9月28日，作为川北医学院客座教授的樊代明，参加在川北医学院北湖宾馆四楼会议厅举行的专题学术讲座，作题为《医学的系统论与整合观》的学术讲座。
2019年5月12日，樊代明莅临山西医科大学讲学指导，在山西医科大学中都校区教学办公楼学术报告厅举行仪式，以《医学的反向思维》为题作专题报告。
时间
担任职务
1992年
中国共产党第十四次全国代表大会代表
2008年03月—2013年03月
中华人民共和国第十一届全国人民代表大会代表
2008年07月—
中国抗癌协会副理事长
2008年09月—
亚太胃肠病学会常务理事兼奖励委员会主席
2013年
世界消化病大会主席
2015年10月19日
河北大学客座教授
2017年08月—
中国抗癌协会理事长
2018年03月—2023年03月
中华人民共和国第十三届全国人民代表大会代表、教科文卫委员会委员
2019年05月12日
山西医科大学客座教授
樊代明在近40年的医疗、教学、科研、管理工作中，始终勤奋工作，艰苦奋斗，不仅学术造诣深厚，临床经验丰富，科研能力卓越，工作作风严谨，管理能力突出，更重要的是始终坚持以集体利益为重、民族利益为重，在学科建设和人才培养上硕果累累。（中国抗癌协会评）
樊代明院士儒雅博学，风趣幽默，他风趣的语言风格与干练奕烁的神采给人留下了深刻的印象。（中国医科大学评）
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